福建多山，田地稀少，使得福建人的生活较为贫困，同时也造就了福建人悍勇的性格。福建山民，向来都是最好的兵源。新华军攻占广东之后，福建陆路提督普陀保第一时间率军驻防漳州、龙岩等地，阻挡新华军入闽。随后，在浙江提督李廷钰率领三万浙江绿营南下增援。两路大军一共六万余人，从福建和广东的交界处，向广东进攻。
新华军第3旅和第13旅，驻防梅州和潮州，抵御清军的进攻。虽然，清军兵力是新华军的五倍，但处于守势的新华军依旧游刃有余。梅州和龙岩之间多山，很难通行大部队。福建方向的清军只能从沿海平原发起攻击。但是，面对新华军构建的坚固防线，福建方向的清军依旧是碰的头破血流。
1843年2月28日，当粤北的新华军发起攻击的时候，得到了3个步兵旅增援的粤东北新华军，同样对福建方向的清军发起了反击。一个多月的守势作战，已经让他们心里早已经憋了一肚子的火了。现在总兵力达到了5个旅三万余人，已经有足够的实力发起反击了。并且，海军那边也派了两艘‘鲨鱼级’巡洋舰来增援他们，这更加使得新华军对于打败福建的清军，充满了信心。
“兄弟们，对面的清军，压着我们打了一个多月了。现在，终于轮到我们反击了。明天早上7点半开始，炮兵首先开炮，让那帮龟儿子知道我们的厉害！”新华军第3旅的旅长名叫周老四，真名叫什么估计他自己都忘了，本来就是海盗出身的他，脾气非常的火爆。原本，他们这个旅是驻防棉兰老岛的，结果他亲自赶到马尼拉，向龙宇飞请战，这才把他们这个旅调到前线的。
“周旅长的命令大家都清楚了吧，明天就看我们的了。”第13旅旅长古赟准将说道。他原本是兰芳国大统制之子，只不过现在的兰芳国已经成为了过眼云烟了。古赟现在也已经接受了新华军旅长的身份，并且干的很开心。在他看来，新华军的旅长，要比当初在兰芳国的时候要厉害得多了。他现在是准将军衔，等打完了这一战，说不定还能够再提一级，到时候在新华军当中，也算得上是位高权重的人了。
“是，将军！”新华军第25旅旅长程远上校，第26旅旅长邱志生上校，第27旅旅长郭明坤上校纷纷回答道。他们丝毫不在乎周老四准将的脾气，军人嘛，本来就该是有血性的。
当天早上7点半，新华军5旅属炮兵营，一共120门75毫米野战炮，对清军的阵地发起了猛烈炮击。一时间，清军的阵地以及军营，完全被硝烟所笼罩了。
这个时间，清军才刚刚起床而已。大部分都人还是衣衫不整的。大家连武器都还来不及拿，只能拼命的逃跑的。新华军的突然攻击，完全出乎了清军的意料。之前，一直都是他们主攻，而新华军被动防御的。
“怎么回事，发生什么事了？”福建陆路提督普陀保从军帐当中冲了出来，他只穿着普通的一副，甲胄都没有穿在身上，可见有多么的焦急。
“将军，大事不好了，新华军正在发起猛烈的炮击，估计很快就会发起进攻了。”一个管带向普陀保禀告道。
“可恶，命令各部队，马上投入战斗，抵挡住新华军的进攻，绝对不能够让他们攻入福建！”普陀保黑着脸命令道。
“是，将军。”管带硬着头皮去传令去了。只不过他知道，在这个时候要想让士兵们冒着新华军的炮火去防御，会有多么的困难。
“普将军，新华军打来了吗？”浙江提督李廷钰也赶来了，只不过，他同样也是衣衫不整的。
“嗯，我已经命令部队集结起来，准备抵御新华军。”普陀保说道。
“普将军，我看这一次新华军是来势汹汹，我们还是马上撤退吧。”李廷钰建议道。
但是，普陀保拒绝撤退，他不相信他们有几万人，还抵挡不住新华军的进攻。
在新华军的猛烈炮击当中，清军死伤惨重。大量的清军发生看溃逃，即便是那些中下级军官，驱赶着士兵们去抵挡新华军，也没有似乎的用处。督战队一连砍掉了几十颗脑袋，也无法阻止清军溃逃。
半个小时的炮击之后，新华军开始了进攻。新华军第3旅一马当先，率先发起了进攻。第13旅则从另外一边发起进攻，攻击清军的侧翼。另外的三个新组建的步兵旅，除了第27旅留下做预备队之外，其他的两个旅也投入了战斗。新组建的部队，虽然完成了新兵训练，但终究没有接受过战争的洗礼，只有在战场上见过血之后，才能够真正成长起来。
“砰！砰！砰！”新华军排成稀疏的散兵线向清军的阵地发起攻击，不停的放枪，凭借步枪的射程，压制清军的反击。清军使用的鸟枪和老式抬枪，根本就无法对新华军构成威胁。
跟随步兵作战的迫击炮也架设了起来，对清军的阵地就是一通猛轰，炸的清军哭爹喊娘的。好不容易集结起来的防线，更是瞬间溃散。
不到半个小时的时间，新华军就攻入了清军的阵地。清军集结起来的防御部队，通通被击溃。清军的指挥官福建陆路提督普陀保和浙江提督李廷钰两人，充满率领残军败将逃亡厦门。企图依靠海峡的保护苟延残喘。福建水师之前被新华军第1舰队一通狠揍，虽然损失大半，但最后还是集结了两千余人的残兵，加上十几艘战船，倒是能够守卫厦门岛和陆地之间的水道了。
漳州一战，新华军歼灭清军达到两万余人，除去那些溃逃的人，逃回厦门岛上的清军，只有三万余人而已。只有最初的一半了。这让福建陆路提督普陀保非常的沮丧，一面加紧部署厦门岛上的防御，另外一面则向福州的闽浙总督怡良和福州将军璧昌求援。福建的军队，除了三万绿营之外，还有上万的八旗兵。只不过，这些八旗兵有多大的战斗力，这就很难说了。
3月1日下午，新华军抵达了下面，隔着海峡同厦门岛相望。虽然，新华军兵临厦门，让普陀保和李廷钰两人有些担心，但是有海峡相隔，他们心里还是很镇定的。
“哼！以为这只有一公里多宽的海峡就能够阻挡他们吗？简直就是妄想。海军的两艘巡洋舰到哪里了？什么时候才能够来？”周老四准将不屑的说道。
“老周，海军的两艘巡洋舰昨天下午才从汕头出发，预计今天就能够抵达。”第13旅旅长古赟准将说道。厦门岛的海峡，并不宽，只有一公里多一点而已。新华军陆军装备的野战炮，完全能够对海峡对岸进行炮击，然后掩护步兵登陆。不过，一时半会儿找不到那么多的船只。跟随海军的巡洋舰一同抵达的，还有十来艘运输船和商船。到时候，新华军就可以利用这些运输船和商船渡过海峡，攻击岛上的清军。
当天傍晚，新华军海军的第42号巡洋舰和第44号巡洋舰抵达厦门，在这两艘巡洋舰的身后，则是11艘运输船和商船。两艘巡洋舰抵达之后，立刻对福建水师残余的战船发起了攻击。福建水师的主要实力之前就已经被新华国海军第1舰队给消灭了，面对新华国海军的两艘巡洋舰，更是没有反击之力。
当舰炮在海面上回响，伴随着清军的战船一艘接着一艘的被击沉。等到日落的时候，清军福建水师的战船已经被全部干掉了。
3月2日早上，新华军5个炮兵营开始对海峡对岸的清军阵地开火。一公里多一点的海峡，根本就抵挡不了新华军的炮火。两艘巡洋舰也用战舰上的舰炮轰击清军的阵地。战舰上的105毫米舰炮和75毫米舰炮，威力可比陆军使用的75毫米野战炮大得多了。猛烈的炮击，让退守厦门岛的清军损失惨重。不得不放弃滩头阵地，向厦门岛中心撤退。
早上九点，新华军陆军第3旅的两个步兵营，搭乘运输船和商船，渡过海峡，在厦门岛登陆。在海军的两艘巡洋舰的炮火的掩护下，向岛屿中心进攻。其他的部队，也开始陆续的运往厦门岛。
随着登陆厦门岛的新华军越来越多，清军付出的伤亡也越来越大，抵抗也变得越来越微弱。
当天下午4点，新华军的一枚炮弹击中了清军的指挥部，福建陆路提督普陀保被当场炸死，浙江提督李廷钰运气较好，一点伤都没有。但是，他已经被吓破胆了。他知道，如果继续打下去的话，他肯定会步上普陀保的后尘的。因此，李廷钰第一时间派人向新华军乞降。
新华军陆军第3旅旅长周老四准将，接受了浙江提督李廷钰的投降，至此，清军福建方向的主力被消灭。